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대용량 데이터 전송을 위한 가이드

몰라도상관없지만알면손해는안되는정보 2008/07/29 15:36

http://fasterdata.es.net/

blast 검색을 위하여 NCBI에서 fasta(혹은 포맷된) 데이터 파일들을 다운받으로 들어가본 분들은 알겠지만,
포맷된 데이터의 경우 올 초 기준으로 60GB 이상이 된다. 그리고 이 양은 점점 늘어날 것이고, 어제 (28일) 1000Genomes 데이터도 업데이트 된 것을 확인할 수 있었다. 이로서(써?-맨날 헷갈리는 국어문법) 기가급 데이터 전송에 관하여 인위적인 손질(혹은 키보드질)이 필요할 시점이 온것이라고 봐도 무방할듯 하다.
NCBI ftp에 도움말 파일에도 그에 관하여 자세한 설명을 찾아볼 수 있고 좀 더 구체적인 방법들은 미국 에너지성(맞나?)에서 제공하는 설명서를 차근차근 읽어본 후 테스트 해보면서 튜닝을 시도해 보면 좋을것으로 판단되어진다.

단지 사이트 링크가 아니라 친절한 설명을 곁들이고 싶지만, 태생이 게으름으로 아이언맨이 되어있는 작금의 현실속에서 기분 좋은 결과를 내게 된다면 한번 다음 기회를 붙잡아 정리해 보도록 하겠다.

Posted by javamint

TAG 네트워크퍼포먼스

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Flash chart

컴터에서벌어지는모든일들 2008/07/22 16:25

http://www.maani.us/xml_charts/index.php
http://www.maani.us/xml_charts/index.php?menu=Reference
http://www.fusioncharts.com/free/Default.asp?gMenuItemId=1

http://teethgrinder.co.uk/open-flash-chart/
http://www.anychart.com/home/

Posted by javamint

TAG 차터

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생일

분류없음 2008/07/14 15:55

울집은 음력으로 생일를 챙긴다.

오늘이 내 생일이라고 가족들로부터 다 한통씩 전화가 오는군.

식구가 하나 더 늘어서 형수님까지 도합 4통의 전화를

받았다. (몇년 후면 조카도 전화해줄까나? 흐흐~)

이젠 주위에서 챙겨주지 않으면 내 생일도 잊어버릴듯 하네...

Anyway, happy birthday to myself.

Posted by javamint

TAG 誕生日

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Tru64 UNIX Version 5.1B or Higher Online Documentation

컴터에서벌어지는모든일들 2008/07/03 11:17

http://h30097.www3.hp.com/docs/pub_page/V51B_DOCS/V51B_DOCLIST.HTM

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TAG Tru64

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PERL 강좌 리스트

몰라도상관없지만알면손해는안되는정보 2008/07/01 16:17

http://palgong.knu.ac.kr/~imustrun/perl/perl_R.htm
http://blog.empas.com/deadfire/list.html?c=680106
http://members.tripod.com/~bank123/p.html

이정도 보면 PERL 기본은 확실히 닦을 수 있지 않을까?

Posted by javamint

TAG Perl, 강좌

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방송일

맘에드는분류가없는것들 2008/06/30 15:32

放送日：
2008年7月27日（日）0:00～0:44　NHK教育
7月31日（木）3:15～3:59　NHK　BS-2放送

8月1日（金）19:00～19:44　NHK教育再放送

한 10초 정도 나올려나? 측면, 후면?

Posted by javamint

TAG NHK

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libibverbs: Fatal: couldn't read uverbs ABI version.

컴터에서벌어지는모든일들 2008/06/23 18:01

    libibverbs: Fatal: couldn't read uverbs ABI version.
    --------------------------------------------------------------------------
    [0,1,0]: OpenIB on host localhost was unable to find any HCAs.
    Another transport will be used instead, although this may result in
    lower performance.
    --------------------------------------------------------------------------
openMPI를 설치하고 clustalw-mpi를 컴파일 한 후 테스트를 해보았다.
처음부터 위의 에러들이 우루루 쏟아지는것이 아닌가?
하나씩 찾아보니 데이터 통신 부분 모듈에서 생기는 에러였는데,
일단 /usr/lib64/openmpi/1.2.5-gcc/etc/openmpi-mca-params.conf를 열어서
 (혹 모르겠다 싶으면 find / -name openmpi-mca-params.conf -exec vi {} \;  )
제일 아래줄에
btl=tcp,self
하나 추가시켜주니 무사실행.(아마 의미는 데이터 교환시 tcp와 자기 자체(?)를 사용한다는 의미인듯-구글링)
일단 간단한 데이터 가지고 결과 비교 해본 후 실제 데이터(45,000)를 돌릴계획임.

후덥지근한 하루하루....

추가1. Clustalw와 Clustalw-mpi에서 실패했다. 데이터 양이 많음으로 인해 생긴 오류인것으로 파악됨